台湾新电影最重要的代表人物。生于广东梅县。1948年移居台湾。1972年毕业于台湾“国立艺专”影剧科。1974年从影。次年任李行场记、助理，当过副导演、编剧、演员。
1975年起从事编剧工作，编有《桃花女斗周公》、《早安台北》、《我踏浪而来》等电影剧本。
1980年首导《就是溜溜的她》、《风儿踢踏踩》(1981)成名。
1982年执导《在那河畔青草青》引起影坛广泛重视。
1983年与万仁、曾壮祥联合执导的《儿子的大玩偶》获西德曼海姆影展佳作奖，并引领台湾电影新浪潮的开端；
《风柜来的人》获1984年法国南特大三洲电影节最佳作品奖。
1984年创作剧本《油麻菜籽》获第二十一届台湾金马奖最佳改编剧本奖；执导《冬冬的假期》获1985年法国南特三大洲电影节最佳作品奖、第三十届亚太影展最佳导演奖。
1985年执导《童年往事》，获第二十二届台湾金马奖最佳原著剧本奖，第三十七届西柏林电影节国际影评人奖，及鹿特丹电影节、夏威夷电影节、亚太影展作品奖。
1986年执导《恋恋风尘》获法国南特三大洲电影节最佳摄影音乐奖、葡萄牙特利亚国际影展最佳导演奖。
《尼罗河女儿》获1987年意大利都灵电影节第五届国际青年影展影评人特别奖。
1989年执导《悲情城市》获第二十六届金马奖最佳导演奖，台湾中时晚报最佳作品奖、导演特别奖，第四十六届威尼斯电影节金狮奖。
1993年执导《戏梦人生》获台湾中时晚报电影奖最优秀作品奖，1993年戛纳电影节评委会奖。其后作品有《好男好女》(1995)、《南国再见，南国》(1996)、《海上花》(1998)、《千禧曼波》(2001)、《咖啡时光》(2004)、《最好的时光》(2005)等，亦在金马奖及海外影展上多有斩获。
2007年参与了为了庆祝戛纳电影节60周年而拍摄的3分钟短片集《每人一部电影》，并推出导演新作《红气球的旅行》。 侯孝贤每部作品都保持一定水准，且均有所突破；其创作为台湾历史与民众命运写下生动篇章，那些即兴式的街头、乡间实景拍摄，混合职业及非职业演员的真实自然表演，运用画外音、长镜头、空间景深营造的情绪张力及诗意氛围，都成为其作者电影的标志。
2014年，第8届“亚洲电影大奖”侯孝贤获终身成就奖 。同年3月，由侯孝贤监制的抗日题材影片《兰亭》在中国内地上映。
2015年5月24日，侯孝贤导演电影作品《刺客聂隐娘》获得戛纳电影节最佳导演奖。
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